Kyrgyzstan Airlines được thành lập năm 1992, nguyên là chi nhánh hãng Aeroflot ở Kyrgyzstan. Sau khi độc lập, hãng đổi tên thành Kyrgyzstan Airlines. Tháng 10 năm 1997 hãng ký thỏa thuận hợp tác với Aeroflot về tiếp thị, bán vé, bảo trì máy bay vv... Hiện nay hãng do chính phủ Kyrgyzstan nắm 81% vốn, các nhà đầu tư khác 11% và Quỹ Soial 8%[1]